Рођен је 15. марта 1812. године у Оросламошу (данашње Банатско Аранђелово у новокнежевачкој oпштини), од оца Димитрија и мајке Розе. Основну школу је завршио у Оросламошу, док је Гимназију похађао у Сегедину. Медицину је студирао у Пешти, где је промовисан за лекара, с правом да практикује медицину на простору целе Мађарске и њој придодатим провинцијама, укључујући и Војводину, као и на територији аустријске монархије.
С обзиром на то да је одрастао у Хабзбуршкој монархији, која је била је вишејезична, не чуди што је Пекаровић био полиглота. Говорио је поред матерњег српског језика, мађарски, немачки и румунски, а касније је научио и енглески и француски, као и латински и старогрчки, који су му били неопходни за школовање.
Интересовање за књижевност Пекаровић је показао када је у летопису Матице српске објавио прво превод песме „Сновиђење“, а касније још две песме. Своју књигу о неговању деце у првим годинама живота „Чадољуб“, Пекаровић је написао још као студент медицине, далеке 1836. Књига је штампана у Будиму, у Краљевском пештанском свеучилишту. Ово је уједно и прва књига о неговању деце код нас. Може се веровати да је настала јер су здравствено стање и морталитет деце 1836.године били страшни: у Новом Саду је те године умрло 708 особа од рођених 779, од чега је било 353 деце.
Најлепше године свога живота овај лекар проводи у Вршцу, где долази по завршетку студија медицине. У Вршцу се 1839.године оженио Саром Нанчић, кћерком угледног трговца. Из тог брака рођено је шесторо деце, а ћерка Катина је кућу Пекаровића завештала црквеној општини.
У Вршцу је радио као лекар Српског опшчества и управник Српског шпитаља. Он се трудио да ову болницу унапреди, тражио је да се повећа болничка плата са 10 на 60 форинти. Међутим, његова залагања су наилазила на препреке углавном због неразумевања од стране црквене општине.
Такође, у Вршцу, упознаје славног комедиографа Јована Стерију Поповића. Познанство лекара и писца веома брзо је прерасло у искрено пријатељство. Тако је Јован Стерија Поповић свом пријатељу Гаврилу Пекаровићу посветио комедију „Тврдица“. О дубини њиховог пријатељства говори и чињеница да су на вршачком гробљу сахрањени један поред другог по сопственој жељи.
Гаврило Пекаровић преминуо је 8.марта 1851.године.
Високо ценећи историјске заслуге др Гаврила Пекаровића, писца прве педијатријске књиге код нас, Друштво лекара Војводине поново је штампало ову изузетно ретку књигу у тиражу од 3.000 примерака. Продајом ове књиге сакупљен је новац за подизање бисте Гаврилу Пекаровићу. Друштво лекара Војводине предложило је 1979. године да се управо током Међународне године детета (1980) подигне спомен биста доктору Пекаровићу у Новом Саду, Вршцу и Банатском Аранђелову. Пошто ни након дужег трагања није пронађен портрет Гаврила Пекаровића, одлучено је да се за вајање попрсја бисте позајми лик славног комедиографа Јована Стерије Поповића, великог лекаревог пријатеља.
Културно уметничко друштво у Банатском Аранђелову носи име „Др Гаврило Пекаровић“.
Т. Међедовић