Радио је и у Естонији, у стручном штабу Левадије.
УЕФА ПРО лиценцу завршио је у Литванији, а потом две године успешно предводио Паиде, трећепласирани тим у Естонији. Паиде је под његовим вођством дошао до трећег кола УЕФА лиге конференција.
Иван Стојковић нови шеф стручног штаба ОФК Вршац
Иван Стојковић (36) нови је шеф стручног штаба ОФК Вршац.
Стојковић је тренерску каријеру градио најпре у Бачкој Паланци, где је радио у стручном штабу тада суперлигаша и предводио омладинце ОФК Бачке.
